Beim Kooperationspartner Chemical Concepts wird MOLGEN auf zweierlei Weise eingesetzt:
Die Vorgehensweise ist dabei folgende: Zunächst wird das Spektrum (Infrarot-, UV oder C-NMR-Spektrum) der Verbindung, die aufzuklären ist, experimentell ermittelt. Eine anschließende Suche in der Datenbank liefert dann eine Menge von Substrukturen (und evtl. weiteren Restriktionen), die als Ausgangspunkt der Generierung mittels MOLGEN dienen. Die erzeugten Isomere werden nun durch Berechnung künstlicher Spektren bewertet, d.h. auf die Güte der Übereinstimmung mit den Meßdaten untersucht, und schließlich dem Benutzer des Systems ausgegeben. Er kann aber auch interaktiv in diesen Prozeß eingreifen und so zusätzliche, zuweilen implizite, Informationen einbringen. Erst durch die Kombination von Datenbank und Strukturgenerator konnte SpecInfo zu einem wirklichen Automatischen Strukturaufklärungssystem ausgebaut werden.
Die beiden Anwendungen, die erste PC-basiert, die zweite auf SUN Sparcstations, zeigen auch die Notwendigkeit, die entwickelten mathematischen Algorithmen als plattformunabhängige Software zu implementieren [11].